Prvotno ime jame je Mrzla jama pri Ložu. Sinonimi so še Mrzla jama pod Križno goro, Križna jama, Stara Križna jama. Današnje ime je jama dobila po Cerkvi Svetega Križa, ki leži na bližnjem hribu, ki mu je cerkev tudi “dala ime” (Križna gora).
Prvi znani obiskovalci so bili ljudje iz časa kovinskih dob. Arheologi so v vhodnih delih našli precej starih keramik, najstarejše so stare skoraj 5 tisoč let (iz časa eneolitika, okrog 2800 pr. Kr.). Ljudje niso v jami bivali, ampak so jo rabili kot skrivališče.
Začetki turizma so močno povezani z raziskovanjem – oziroma ju lahko marsikdaj celo enačimo. Prvi podpisi – dokazi “obiska” jame – so iz leta 1557.



