Naravno ohranjena
Je edina naravno ohranjena turistična jama v Sloveniji, zato v jami ni električne razsvetljave in betonskih poti. Za ogled obiskovalci dobijo gumijaste škornje in prenosno akumulatorsko svetilko. Jama zaradi izredno počasi rastoče sigovih pregrad med jezeri (do 0,1 mm na leto) in njihove krhkosti so le te glavna ovira za masovni turizem v jami ter za omejitev pri dnevnem turističnem obisku vodnega dela jame na 4 osebe.
Glavno vodilo pri obisku jame je omejitev posledic turističnega obiska na sigovih pregradah na raven naravnega samoobnavljanja, kar vzdržuje Križno jamo med najbolj ohranjenimi turističnimi jamami v Sloveniji. Največje zasluge za njeno izjemno naravno ohranjenost pripadajo nekaterim članom Društva ljubiteljev Križne jame, ki so jami posvetili veliko časa, svoje bogate izkušnje pa predali mlajšim generacijam.
Podzemna jezera
Jama je med kraškimi jamami znana v svetovnem merilu zaradi podzemnih jezer.
Ker je izločanje karbonata iz vode na brzicah v primerjavi s počasi tekočo jezersko vodo za več kot desetkrat hitrejše, so na mestu brzic nastali sigovi jezovi, za njimi pa do 7 m globoka jezera.
Jezer čez katere se da v Križni jami prepeljati s čolnom je 22, če prištejemo še manjša jezerca iz Blatnega rova je v Križni jami skupno 45 jezer.
Ogled s čolnom
Vsak obisk vključuje tudi vožnjo s čolnom. Na krajšem ogledu ali krajšem ogled z ogledom Medvedjega rova se boste peljali s čolnom po I. jezeru. V kolikor pridete na daljši 3,5-4 urni ogled vas bo pot vodila čez 13. jezer do Kalvarije.
Na najdaljšem alternativnem ogledu do Kristalne gore pa se gre skupno čez 20. jezer. Pri obeh daljših ogledih za prenašanje čolna čez sigaste pregrade poskrbi jamski vodnik, da se jama tako čimbolj varuje.
Vodna jama
Je aktivna vodna jama s sigastimi pregradami, jezerci in tekočo vodo, ki ustvarja različne skalne oblike, kot so fasete, žlebiče, stropne kotlice in ostale jamske oblike. Vodni tok se v Križni jami pojavi izpod podorov v njenem vzhodnem delu. Ob nizkem in srednjem vodostaju gre za preniklo vodo, le ob zelo visokem vodostaju se v jami pojavi tudi voda ponikalnic iz Bloške planote (Farovščica, Bloščica).
Voda v Križni jami večkrat ponikne v sifon in se znova prikaže na površini, dokončno zapusti jamo v Kittlovih breznih ter preide v Novo Križno jamo. V njenem zahodnem koncu pa vnovič ponikne in se prikaže na planem v izviru Šteberški Obrh.
Od tam nadaljuje 2km, kjer ponikne in nato nadaljuje pot kot potok Lipsenjščica. Po 2km se potok Lipsenjščica izlije v potok Stržen, kateri predstavlja glavni tok na Cerkniškem polju.
Številne živalske vrste
Križna jama je kljub oligotrofnosti, to jer majhni količini hranil v vodi, pestra z vidika podzemnega živalstva. Do sedaj je bilo v njej odkritih že 60 podzemnih (troglobiontskih) živalskih vrst, kar jo po pestrosti uvršča na 4. mesto na svetu. Pogoste so tako vodne kakor tudi površinske živali: kapniška postranica (Niphargus stygius), slepa postranica (Niphargus orcinus), jamski ježek (Monolistra racovitzai), 6 vrst drobnih polžkov (od tega 3 endemični), jamska mokrica (Titanethes albus), jamski pajek (Stalita taenaria), drobnovratnik (Leptodirus hochenwartii), jamski črv (Pelodrilus bureschi). Dve živalski vrsti sta dobili ime po Križni jami (hrošček križnojamski brezokec, križnojamska belgrandiela).
Pogoste so tudi obdobne jamske živali, zlasti netopirji mali podkovnjaki (skupaj s Novo Križno jamo drugo največje prezimovališče netopirjev v Sloveniji). Zaeenkrat je v jami skupno opaženih 7 vrst netopirjev. Poleg netoprijev v prve dele jame občasno zaidejo tudi ptice (sova), polhi, kune ter ostale manjše živali.
Nahajališče jamskega medveda
Del kosti (lobanje) se vidi že v vseh možnih ogledih Križne jame. V kolikor želite videti še več ostankov kosti jamskega medveda se lahko odločite za alternativni obisk Medvedjega rova.
Kosti medveda prišleka (Ursus ingressus) je v Križni jami prvi opazil Aleksander Skofiz leta 1847, o tem poročal kustosu ljubljanskega muzeja Henriku Freyerju, izkopavanja pa je šele leta 1878 pričel Ferdinand von Hochstetter. V štirih dneh jih je izkopal več kot 2000, karto najdbo kosti jamskega medveda uvršča med najbogatejše v tem delu Evrope. Iz kosti je sestavil dve popolni okostji, ki sta bili poslani v dunajski naravoslovni muzej.
Poleg številčnosti kosti izstopa tudi njihova velikost – največja znana lobanja iz Križne jame meri v dolžino kar 56 cm. Glede starosti kosti jamskih medvedov obstajajo v stroki precejšnja razhajanja – stare naj bi bile od 45.000 do 146.000 let. Glede na količino kosti je možno, da je bila jama brlog več deset tisoč let. Na številčno/daljšo poselitev kažejo tudi številni medvedji obrusi na skalnih štrlinah.
Arheološki ostanki
Prvi znani obiskovalci so bili ljudje iz časa kovinskih dob. Arheologi so v vhodnih delih našli precej starih keramik, najstarejše so stare skoraj 5 tisoč let (iz časa eneolitika, okrog 2800 pr. Kr.). Ljudje niso v jami bivali, ampak so jo rabili kot skrivališče.
Začetki turizma so močno povezani z raziskovanjem – oziroma ju lahko marsikdaj celo enačimo. Prvi podpisi – dokazi “obiska” jame – so iz leta 1557. V naslednjih stoletjih so okoliški prebivalci obiskovali jamo stalno, a poredko. Ogledovali so si vhodne predele. Večina ni prišla niti do 1. jezera. Z odkritjem kosti jamskega medveda so se obiski jame povečali in iz jame je bilo odnesenih veliko kosti in kapniškega inventarja.
